L`origine della chiesa potrebbe risalire al sec. XIII. L`omonimo monte su cui sorge l’abitato di Civitella era infatti costeggiato dall’antica Via della Spina, una strada romana lastricata che collegava Spoleto alla Valle del Chienti. La prima notizia dell’esistenza della chiesa risale comunque al sec. XIV, quando compare in un catasto dove si elencano le varie chiese dipendenti dalla Pieve di Verchiano appartenente alla Diocesi di Spoleto. Sulla parete destra del presbiterio vi sono frammenti di affreschi databili intorno al XIII-XIV secolo.
La forma attuale della chiesa è il risultato di una ristrutturazione avvenuta nel sec. XVIII. In tale secolo fu sicuramente rifatto il tetto.